Ralative risk and odds ratio

http://blog.naver.com/biostat_yu/220593739742

Prospective vs retrospective

http://healingcomz.com/220530333331

T-value

http://blog.naver.com/ssacstat/220688153345


T-test


A, B drug


Which one is the best


Comparing A and B using Test


Null hypotheise  A drug and B drug has no difference.


Test  p - value >0.5 null is accepted.


that means A and B has no difference.


if  p-value < 0.5 null is rejected and alternative is accepted = two drug have difference.

DNA의 복제, RNA 전사

DNA의 복제

1. DNA헬리카아제가 DNA이중나선을 풉니다.

2. 단일사슬결합단백질이 끊어진 나선의 염기들에 붙어 자연적으로 수소결합이 형성되는 것을 막습니다. 또한 프리마이제와 DNA중합효소가 결합할 수 있도록 도와줍니다. 여기서 프리마아제는 RNA프라이머를 만들어주는 역활을 합니다. 새로운 DNA사슬이 바로 주형 DNA사슬로부터 합성될 수 없으므로 RNA프라이머에서 부터 새로운 DNA사슬이 신장이 시작됩니다. 그 방향은 5'->3'입니다. (5',3'는 탄소의 번호입니다.)

3.프리마이제는 RNA프라이머를 생성시켜 시발점을 만듭니다.

4.DNA중합효소는 RNA프라이머에 결합하여 새로운 DNA사슬을 신장시킵니다.

5.RNA프라이머를 DNA중합효소(중합효소의 종류는 다양합니다. 참고로 위에서 DNA사슬을 신장시키는 중합효소와는 다른 종류의 DNA중합효소 입니다.)을 가수분해시키고 DNA로 교체한다.

6.지연가닭에 생성된 오카자키 절편은 DNA연결효소로 연결시킨다.

먼저 헬리카아제가  DNA이중나선을 풉니다. 이때 DNA단일사슬의 한쪽 끝은 3'이며 한쪽 끝은 5'입니다.

여기서 DNA의 신장은 5'->3'입니다. 결국 DNA단일사슬중 말단이 3'인쪽은 선도가닥이라 부르며 끊어짐 없이 신장됩니다. 문제는 5'말단입니다. 이 5'말단(지연가닥이라 부릅니다.)을 가진 DNA단일사슬은 RNA프라이머가 많은 곳 만들어지며 RNA프라이머로 부터 신장된 DNA의 사이는 곳곳이 비게 됩니다. 이 RNA프라이머로 부터 신장된 짧은 DNA사슬을 오카자키 절편이라 부릅니다. 완전한 DNA가 될려면 RNA프라이머를 없에야 되겠지요? 이때 DNA중합효소가 RNA프라이머를 제거하고 주형 DNA의 염기에 상보적인 염기들로 새로운 DNA사슬을 만듭니다.

http://snustudy.com/220355043883

http://snustudy.com/220407952080

C–Value Paradox_최우성

C-Value란 각 생물 종(species)에 따라 일정한(constant) 양의 DNA를 가지고 있다는 사실에서 나온 말이다. 그런데 아주 복잡하게 보이는 생명체의 DNA 양(C-Value)이 간단하게 보이는 생명체의 DNA 양(C-Value)보다 훨씬 적은 경우가 종종 발견 된다. 예를 들면, 간단한 생물의 대명사인 아메바(Amoeba dubia)는 사람보다 무려 200배 이상 더 많은 DNA 를 가지고 있다. 이런 역설적으로 보이는 현상을 C-Value Paradox라고 한다. 왜 더 간단하게 보이는 생명체가 더 많은 정보를 갖고 있는 것일까?

진화론은C-Value의 이유에 대해 이렇다 할 대답이 없다. 진화론은 생물들이 새로운 유전정보를 획득하여 진화 한다고 주장한다. 그러나, 현재 기독교를 신랄하게 비판하고 있으며, 유전학을 전공한 옥스포드 대학교의 교수인 진화론자 리차드 도킨스(Richard Dawkins)의 인터뷰 동영상을 보면 유전정보가 증가하는 일이 없다는 사실을 확신하게 될 것이다(https://www.youtube.com/watch?v=9W4e4MwogLo). 한편, 증인이신 하나님의 말씀을 통해서 보면 C-Value의 이유에 대해 논리적이고 분명한 대답을 얻을 수 있다. 모든 생명체들은 ‘종류대로’ 창조 되었고 여전히 같은 종류 안에 머물러 있기 때문이다. 그리고 진화라는 현상이 없기 때문에 한 종류의 생명체는 예나 지금이나 또 내일도 동일한 C-Value를 유지하는 것이다.

이제 C-Value Paradox에 대해 알아 보자. 왜 간단하게 보이는 생물이 더 많은 DNA를 가지고 있을까?

1970년대 초에 과학자들은 드디어C-Value Paradox에 대한 이유를 알아 냈다고 생각했다. 전체 유전정보 속에는 표현되는 정보(coding DNA)가 있고 표현되지 않는 정보(noncoding DNA)가 있는데 후자의 DNA 양이 많으면 생물체가 간단하게 보이지만 더 많은
DNA를 가질 수 있다는 것이다. 달리 말하자면, 전체 유전정보와 표현되는 정보(coding DNA)인 유전자(gene)의 수는 상관 관계가 없다는 것이다. 실제로 사람의 전체 DNA 중에서 표현되는 유전정보는 약 2%에 불과하다. 사람의 경우 거의 모든 유전정보는 표현되지않는다는 뜻이다. 그렇다면 아메바 유전정보는 어느 정도나 표현이 되는 것일까? 유전자가 몇 개나 될까? 아직 과학자들은 여기까지 연구할 여유가 없다.

최근에 과학자들은C-Value Paradox 대신C-Value Enigma라는 용어를 선호하고 있다. 역설(Paradox)은 설명할 수 없는 것이고 수수께끼(Enigma)는 과학이 발달하면 설명할 수있는 것이기 때문이다. 표현되지 않는 DNA가 얼마나 되며, 어디서 와서 어떻게 퍼져 나가는지, 그 DNA의 역할은 무엇일지, 왜 그 만큼의 표현되지 않는 DNA를 가지고 있는지를 앞으로 다 알 수 있게 될 것으로 생각하기 때문에 ‘역설’ 대신 ‘수수께끼’라고 해야 된다는 것이다. 이 주장은 어느 정도는 사실이지만 모른다는 말을 하기 싫어하는 과학자들의 속성도 포함되어 있음도 사실이다.

여기서 우리는 junk DNA란 용어를 떠올리게 된다. 표현되지 않는 DNA가 있다는 사실이 알려졌을 때, 일부 진화론 과학자들은 그 DNA를 필요 없는 junk(쓰레기) DNA라고 불렀다. 진화 과정 중에는 필요했겠지만 지금은 필요가 없어진 부분이라고 생각을 했기 때문이다. 사람의 맹장이나 꼬리뼈를 흔적기관이라고 했던 개념과 동일한 것이다. 그러나 최근 흔적기관이란 용어를 사용하지 않고 기능을 잘 모르는 기관이라고 부르듯이 이제과학자들은 더 이상junk DNA라는 용어를 사용하지 않는다. 실제로 수 많은 유전적인 질병들이 이 표현되지 않는 junk DNA 이상으로 생겨 난다. 그 표현되지 않는 정보들은 다른 유전자들을 조절하거나 DNA정보 자체를 보관하는 데도 사용 될 것이라고 믿고 있다. 종류대로 창조 된 생물체들에서 보여지는 C-Value Paradox에는 창조자의 놀라운 지혜와 헤아릴 수 없이 높은 수가 들어 있는 것이다.

왜 표현되지 않는 유전정보들이 그렇게 많은가? 표현되는 유전자의 양을 조절하기 위해서, 유전정보를 작은 공간에 잘 보존하기 위해서, 혹은 정보를 사용하기 좋은 위치에 두기 위해서 등 과학자들은 많은 가능성들을 상상하고 있다. 그러나 아직 표현되고 있는 2%도 제대로 파악하지 못한 인류가 그 질문에 답을 했다고 착각하는 것은 정도가 지나친 교만이다. 더 놀라운 기능이 거기에서 발견 될지도 모른다. 과학은 결코 모든 것을 알아 낼 수 없다. 창조물들 속에는 이중 삼중의 목적이 있는 경우가 대부분이다. 왜 더 간단하게 보이는 생명체가 더 많은 정보를 갖고 있는 것일까? 이것은 사실상 아직도 역설이다.

훗날 과학자들은 그 속에 들어 있는 창조자의 놀라운 지혜와 능력을 보게 될 것이다.
그리고 이렇게 고백 하게 될 것이다: “하나님이여 주의 생각이 내게 어찌 그리 보배로우신지요 그수가 어찌 그리 많은지요?” (시 139:17).

[출처] C–Value Paradox_최우성|작성자 crystal

상동염색체

http://blog.naver.com/rkach9993/150137378181

염색체입니다.

인간은 23쌍의 염색체를 가지죠.. 개수로 따지면 46개가 되겠습니다.

이 때, 46개는 2n입니다. 같은 상동염색체가 둘이 모여 한 쌍을 이루기 때문입니다.

그러면 원래 염색체 수는 n이겠죠

여기서 n은 우리말로 반수체 라고 하며 Haploid입니다.(half에서 기원) 그리고 온전한 2n의 염색체 쌍은

deploid입니다(de는 둘 이라는 어원이죠)

이상입니다.

전기영동 arose gel? buffer?

 tae buffer는 말 그대로 pH를 안정시키는 완충용액입니다.

전기영동을 하면 DNA를 이동시켜야하는데..

그 이동시키는 운반체들이 바로 이온들이고요..

그 이온을 buffer가 공급해줍니다.

TAE는 Tris, Acetate, EDTA라는 간단한 3가지 물질이 들어있는데요..

Tris가 양이온을 공급합니다.

DNA는 -를 띠고 있지요?

그래서 이 buffer 안에서 DNA는 음극에서 양극으로 끌려갑니다.

그러나 Tris의 pH가 거의 11에 가깝기 때문에 이 pH를 낮추기 위하여 acetate를 첨가하는 거구요..

(pH가 그정도로 높으면 DNA가 해리됩니다).

EDTA는 chelating agent라고해서 금속이온을 용탈시키는 작용을 합니다.

보통 효소의 작용은 Mg, Mn 등 금속이온의 cofactor가  있어야 기능을 하게 되지요..

물론 RNase같은 cofactor가 필요없는 효소도 있긴 하지만

EDTA는 효소와 금속이온의 결합을 풀어서 분리시킵니다.

따라서 효소가 제기능을 못하게 되지요..

EDTA를 buffer에 넣음으로써 전기영동하는 동안에도 DNA는 DNA 분해효소인 DNase로 부터 보호가 되지요..

agarose gel 및 buffer 모두 TAE가되어야 합니다.

증류수로 gel을 만들면 DNA가 안 움직이지요..

운반체가 없으니까요..

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1. agarose gel의 경우 구조가 머라고 해야하나.. 촙촙한 체? 같은 거라고 볼수 있습니다.

그래서 전기영동시 덩어리가 큰거 DNA의 경우 size가 큰것은 체에 계속 걸리고 걸려서 천천히 내려오게 되고 size가 작은 것들이 아래도 더 많이 내려오게 되는거죠

2. 전기영동시 DNA 이동에 영향을 미친는 요일은...

첫번째 gel의 농도입니다. 농도 가 진할수록 gel은 더 촘촘해 지고 느리게 내려오게 됩니다. 이 경우 시간은 오래 걸리긴 하지만 더 정밀하게 size을 확인할 수 있겠죠

두번째 전압 입니다. 이것도 이해하기 쉽조 DNA전기영동은 DNA가 -전하를 띄는 것을 이용한 방법입니다.

전압을 더 강하게 걸어준다거나 낮게 걸어주면 영향을 받게 되겠죠

세번째 buffer 종류 제가아는건 TAE, TBE 두종류인데.. 짧은시간은 TAE, 긴시간은 TBE를 쓰는걸로 알고 있습니다. 왜인지는.... 기억이 잘 안나는데 시간이 오래걸리는경우 TBE를사용한것으로 바서 전기영동시 발생하는 열과 관계가 있지 않을까.. 생각합니다.