Wednesday, June 1, 2016

Glycogenesis & Glycogenolysis

http://dscha.tistory.com/13


Glycogenesis & Glycogenolysis

glucose의 대사방향은 크게 3가지로 볼 수 있다.
1) 저장 (starch, glycogen
2) 당분해 경로를 통해 산화 (pyruvic acid)
3) 인산 오탄당 경로를 통해 산화 (5-phosphoribose) 
여기서는 이가운데 glucose의 저장 그 가운데서도 동물에서 일어나는 glycogen의 합성 과 분해에 대해서 살펴보도록 하겠다.
어짜피 생체내에서 쓰이는 것은 glucose인데 왜 복잡하게 glycogen으로 저장하고 다신 분해하고 그럴까? 여러가지 이유가 있겠지만 가장 큰 이유는 세포내 삼투압 유지가 목적이다. 생체내에 존재하는 대부분의 glucose는 세포내에 존재하게 되므로 세포내 용질의 숫자가 증가한다. 결과적으로 세포외액이 안쪽으로 유입되는 삼투현상이 생겨서 세포가 터질 수 있다. 세포내 녹아있는 glucose의 농도는 대략 0.4μM 정도 되는데 glycogen으로 저장될 경우 같은 질량의 glucose는 0.01μM로 감소하게 된다.

그럼 glycogen은 체내 어디서 발견될까?  
척추동물에서 glycogen은 주로 간과 골격근에서 발견된다 (glycogen은 최대 간 무게의 10%, 근육 무게의 1~2% 차지). 간에 저장된 glycogen은 식이 glucose를 이용할 수 없을 때 다른 조직 특히 뇌의 에너지원으로 활용된다. 뇌같은 경우는 BBB가 존재하여 아미노산이나 지방산을 에너지원으로 할 수 없기 때문에 간에 저장된 glycogen이 분해되서 다 쓰이게 되면 gluconeogenesis와 같은 당신생 작용을 통해서 glucose가 공급되어야 한다. 반면에, 근육의 glycogen은 호기성 혹은 혐기성 대사를 위해 근육에 빠르게 에너지원을 공급하기 위한 목적으로 저장된다.

Glycogenesis (glycogen의 합성)
1) glucose  glucose 6-phosphate
- glycogen 합성의 출발점은 glucose 6-phosphate
- 근육에서는 hexokinase I,II에 의해 간에서는 hexokinase IV (glucokinase)에 의해 촉매
- ATP가 소모됨 
2) glucose 6-phosphate → glucose 1-phosphate
- glycogen의 합성은 phosphoglucomutase에 의해 glucose 1-P로 전환됨으로서 개시됨
3) glucose 1-phosphate → uridine disphosphate glucose (UDPG)
- UDPG pyrophosphorylase에 의한 UDPG의 생성은 glycogen 생합성의 핵심적인 반응
- UTP -> PPi (파이로인산)
4) UDPG →1,4 glycosil units
- glycogen synthase에 의해 UDP가 떨어져 나가면서 1,4 glycosidic bond를 형성
- glycogen synthase는 primer로서 적어도 4개의 glucose 잔기를 가지고 있는 polyglucose chain이나 적어도 8개의 glucose 잔기를 가지고 있는 branch를 필요로 함 (맨땅에 헤딩하지는 않는다; 처음부터 합성해 나가는 것은 아님; 시발체가 필요) 
- glycogenin이라는 단백질에 의해 8개의 glucose가 1,4 glycosidic bond를 촉진하여 primer 형성 
5) 1.4 glycosil units → glycogen (1,4 and 1,6 glycosil units)
- glycogen synthase는 α1→6 결합은 만들지 못함 -> 분지를 형성 못한다는 얘기
- branching enzyme (amylo 1,4→1,6 glycosyltransferase)에 의해 branch가 형성됨
- branching enzyme은 적어도 11개의 glucose 잔기를 가지고 있는 polyglucose chain의 6~7개의 glucose 말단 부분을 같은 혹은 다른 polyglucose chain의 C-6의 hydroxyl기로 옮겨서 새로운 branch를 만든다
- 일단 branch가 생성되면 glycogen synthase에 의해 새로운 가지 사슬에 glucose 잔기가 추가된다 

glycogen 합성 과정 중에 1.4 결합 뿐만 아니라 1.6 결합을 해서 branch를 형성하는 이유는
glycogen 분자를 보다 가용성으로 만들고 비환원성 말단의 수를 증가시켜서 비환원성 말단에만 작용하는 효소인 glycogen phosphorylase나 glycogen synthase가 glycogen의 활성을 증시키는데 그 목적이 있다.

Glycogenolysis (glycogen의 분해)
1) glycogen → glucose 1-phosphate
- glycogen phosphorylase (=phosphorylase; 발견된 첫 번째 phosphorylase여서) : 무기인 (Pi)의 공격에 의해 α1→4 glycosidic bond를 끊어줌
- 가인산분해 반응 (phosphorolysis) (cf; 식이 글리코겐이나 녹말이 장에서 amylase에 의해 가수분해 (hydrolysis) 되는 것과는 다름 -> 가인산분해에서는 glycosidic bond의 결합 에너지는 glucose 1-phosphate가 생성되면서 보존된다)
- glycogen phosphorylase는 α1→6 결합 부위에서 glucose 4분자가 떨어져있는 지점에 이를 때까지 반복적으로 작용하고 그 지점에서 효소반응은 멈춤
- glycogen phosphorylase에 의한 추가적인 분해는 가지제거 효소 (debranching enzyme)가 사슬을 전이하는 두 개의 연속적인 반응을 촉매한 뒤에 일어남 
2) glucose 1-phosphate → glucose 6-phosphate - phosphoglucomutase (인산화된 효소는 C-6에 인산기를 주고 C-1의 인산기를 받는다) - 골격근 : 생성된 glucose 6-phosphate는 당분해 반응으로 들어가서 근육 수축 에너지원 3) glucose 6-phosphate → glucose - 이 반응은 간과 신장에서만 일어남 (glucose 6-phosphatase는 다른 조직에는 없음)- 간 : 식간에 혈당 농도가 떨어졌을 때 혈액으로 glucose를 유리 (혈당조절) - 근육이나 지방조직은 glucose 6-phosphatase가 없어서 glucose 6-phosphate를 glucose로 전환할 수 없기 때문에 혈당 농도를 올릴 수 없다.

glycogen의 대사 (glycogenesis & glycogenolysis)는 에너지의 공급과 저장이라는 생존에 매우 중요한 과정이다. 또한 glycogen의 대사와 관련한 생체외 환경은 매순간마다 매우 급격히 변화하고 있다. 이를테면, 운동을 하고 나면 ATP 수요가 수초 내에 100배 이상 증가하게 되고,  세포에 충분한 산소 공급이 안되는 hypoxia, ischemia 등의 병리적 상태에서는 에너지 생성을 혐기적 대사에 의존해야 하기 때문에 훨씬 많은양의 glucose가 요구된다. 이뿐만이 아니다. 우리가 섭취하는 음식물의 양은 식사 때마다 변하고 항상 꾸준히 에너지원이 공급되는 것이 아니다. 굶을 때도 있고 많이 먹을 때도 있고 그러니까. 또 어디 다치거나 하면 상처를 치료하는데 많은 양의 에너지와 생합성 전구물질이 필요하게 된다. 따라서 glycogen의 대사는 매우 복잡한 조절기전에 의해 정교하게 조절되어야만 한다. 실제로 인간 전체 유전자의 12%가 당분해에 관여하는 4000여 종의 유전자이며 다양한 수용체, 조절 단백, 효소 등을 발현함으로써 조절이 이루어진다. 이러한 조절 기전은 다양한 시간대 (1초 ~ 수일)에 작용하게 되고, 많은 경우 기전들은 중복된다 (한 효소가 여러 다른 기전에 의해 조절을 받음 : 한 경로가 망가지더라도 대체경로 확보를 위함). glycogen의 대사 조절은 크게 두가지 범주에서 접근해 볼 수 있겠다. 바로 효소에 의한 조절과 호르몬에 의한 조절이다


glycogen의 대사를 조절하는 효소1) glycogen 분해 효소의 조절 (glycogen phosphorylase)
- glycogen phosphorylase는 두가지의 상호전환 가능한 형태로 존재
    phosphorylase a : active form (인산화)
    phosphorylase b : inactive form
- phosphorylase를 활성화 시키는 효소 : phosphorylase b kinase
- phosphorylase를 억제 시키는 효소 : phosphorylase a phosphatase (PP1)2) glycogen 합성 효소의 조절 (glycogen synthase)- glycogen phosphorylase와 마찬가지로 인산화와 탈인산화 형태로 존재
    glycogen synthase a : activie form
    glycogen synthase b : inactive form (인산화)
- glycogen synthase를 활성화 시키는 효소 : PP1- glycogen synthase를 억제 시키는 효소 : glycogen synthase kinase 3 (GSK3)

glycogen의 대사를 조절하는 호르몬insulin, glucagon, epinephrine 등이 대표적
- 이러한 호르몬에 의해서 cAMP (이차전령; second messenger)가 증가하게 되고, 한 촉



매제가 다른 촉매제를 활성화하는 식의 효소 연쇄증폭 (enzyme cascade)가 일어나서 
초기 신호를 증폭시키는 효과를 가져온다.
- epinephrine : 스트레스에 대한 반응으로 분비, 근육에 작용하여 glycogen 분해와 당분해를 촉진 -> ATP 생산이 목적 (근육에는 glucagon 수용체가 없음)
- glucagon : 저혈당에 대한 반응으로 분비, 간에 작용하여 glycogen 분해와 당분해를 차단 -> glucose 생산이 목적 (다른 조직으로 보내기 위해서)
 - insulin : 고혈당에 반응하여 분비, glycogen synthase 활성화, glycogen phosphorylase 억제
- 기존의 효소활성에 영향을 미치는 것 이외에도 insulin은  150여개의 유전자 발현을 조절 (eg. hexokinase-당분해, acetyl CoA carboxylase-지방산합성 등)
- insulin의 작용으로 glucose의 수송체인 GLUT4가 세포막으로 이동함으로서 세포내 glucose의 유입이 증가함 (혈당을 낮춤 & 글리코겐 합성에 필요한 glucose 확보)

ATP, UTP, UDP

ATP만 사용하는걸 배우셔서 그렇습니다.

생화학이라던가 세포생물학정도의 전공 핵심으로 들어가려고 하는 학문을 공부하셨다면 이러한 질문을 안하실텐데...

뭐 좋습니다.
여하튼 생명체는 에너지 화폐단위분자로서 ATP만 사용하지 않습니다.
major가 ATP일 뿐입니다.

그다음 많이 사용하는게 GTP로서 여러가지 신호전달이나 특정 단백질의 구조변화등에 이용됩니다.
그리고 UTP의 경우, 물론 RNA polymer의 합성에 유용하게 사용됩니다. 이 UTP에서 인산기 하나 떨어지고 다른 분자들이 붙는경우가 있습니다. (당이나 그외 여러가지) 이 경우에는 이 UDP와 붙은 녀석이 고에너지 결합을 가지고 있어서 특정 고분자물질이나 혹은 다른 물질 대사에 치환작용이나 수송작용으로서 그 반응의 Gibbs free energy 값을 (-)로 만들어주어 그 반응을 열역학적으로 안정된 반응으로 유도해주는 역할을 합니다.
CTP의 경우는 다른 용도로 거의 사용안하고 RNA polymer 합성에 주로 관여합니다.
그리고 dATP, dTTP, dCTP, dGTP는 DNA polymer 합성에 이용되구요.

그리고 각각의 NDP들간의 반응으로 NTP+NMP로 가는 반응이 일어나기도 합니다.
그리고 creatine이라고 하는 녀석 아시죠? 이녀석은 보조배터리격의 역할로서 에너지 화폐분자들에게 얻은 에너지를 임시로 짱박다가 부족하면 보조로 관여하는 녀석도 있죠.

그리고 왜 하필 ATP가 가장 대표적인 에너지 화폐단위분자로서 이용된지는 정확한 이론은 없습니다.
옛날에 제가 답변을 한 것을 찾아보시면 알겠지만, 제가다니던 대학에서 외국 교수님이 이것에 관련된 연구를 해보셨다고 하시던데, CTP같은 애들이 낼수 있는 에너지가 좀 적다고 하던데 제기억이 정확치 않으니....

Tuesday, May 31, 2016

Glucose 해당과정


http://blog.naver.com/dyner/100173392310


http://kin.naver.com/qna/detail.nhn?d1id=11&dirId=1116&docId=47378820&qb=Z2x1Y29zZSAgYXRw&enc=utf8&section=kin&rank=1&search_sort=0&spq=0&pid=S0HlmdpySoVsst4DiVNsssssssl-452766&sid=n8Yrjin6noQpUWuuW2UScA%3D%3D


http://blog.naver.com/tkfk4038/220176079280

miRNA, siRNA

오래 전 사이언스지에 나왔던 것 같은데, 딱히 찾아보려니 쉽지는 않네요. 질문에 올리신 글과 기억나는 것을 조합해서 답변을 드리겠습니다.

small RNA 라는 용어는, 기존의 RNA라고 하는 것과는 그 개념이 다르답니다.
직접적으로 유전자 발현과정에 관여하고 세포의 기능을 총괄 조정하는 것이 그 역할이라고 알려져 있는데요.
이 small RNA 중에서 각광을 받고 있는게 mi RNA와 si RNA 이지요.

mi RNA 는, micro RNA 라고 하는 것으로, 21개에서 25개 정도의 nucleotide 로 구성된 단일 염기가닥인 RNA 랍니다.
이 물질이 현재까지 밝혀진 바에 의하면, 진핵생물의 유전자 발현을 제어한다고 보여지고 있지요.(혹자는 반대로 억제를 통해서 오히려 발현을 촉진한다고도 본답니다.)

아시나요? 원핵세포의 경우  락 오페론이라고 하는 기작이 일어나지만, 실제로 진핵세포에서는 훨씬 더 복잡할 것이다... 라고 일반적인 교재에 쓰여 있잖아요. 바로 miRNA 의 기작이 락 오페론과는 다르게 일어난다는 의미이지요.
miRNA의 생성은 두 단계의 프로세싱으로 이루어지는데요.

처음 primary miRNA(흔히 이것을  pri-miRNA 라고도 쓰는데 mi RNA 전사체 라고 읽습니다.)가 핵 안에서 RNaselll type 효소 즉, Drosha 를 만나서 70에서 90 nt 정도의 stem-loop 의 pre-miRNA로 만들어집니다.
(쉽게 말해 상보적 결합의 형상을 가지게 되는 듯 하다는 말인데요. 이 반응이 끝이 아니고 다음 단계로...)
생성된 mi RNA 전사체가 세포질로 이동하여 효소 Dicer에 의해 절단되어 21에서 25 nt의 mature miRNA로 만들어진답니다.

조금 복잡한 이야기는 생략하고 이렇게 생성된 RNA 는 결국, 특정 발생단계에서 발현되어 생명체의 발생을 조절하게 되는데요. 그래서 이를 두고 st RNA (small temporal RNA) 라고 통칭하여 부른답니다.
이와 같은 연구는 1993년 이후 본격적으로 시작되어 현재에는, 150 여 개의 새로운 RNA 유전자가 찾아졌어요.

이렇게 종류가 많아지니  st RNA를 포함한 RNA 들을 모두 microRNA 라고 명명하였답니다.
현재까지, mi RNA의 기능은 여전히 많은 비밀을 담고 있는데요. 다음의 경우는 밝혀진 사실이니 기억해 주시면 좋을 것 같아요.

발생시기를 조절
cell proliferation 과 cell death를 조절
신경세포로의 분화를 조절
(최근에 신경세포의 분화 조절과 관련하여 무엇인가 또 하나가 나왔었는데, 기억이 안 나네요.)

si RNA(small interfering RNAs)는 이중가닥의 RNA(double-stranded RNA)가 Dicer에 의해 절단되어 생성되는 21에서 25nt 크기의 작은 RNA조각을 말한답니다.
이것은 상보적인 서열을 갖는 mRNA에 특이적으로 결합하여 단백질 발현을 억제하는 것으로 밝혀졌는데요.
이를 두고, 외부의 이중 가닥의 RNA를 선충에게 주입했을 때 상보적인 세포 내부의 mRNA와 서열특이적으로 결합해 유전자 침묵(gene silencing)을 유도하는 기능을 확인했고, 이를 계기로 이런 현상을 RNA interference(RNAi)라고 부르게 되었답니다.
si RNA 에 의해 그에 상보적인 염기서열을 갖는 mRNA 분해가 유발되는지 혹은 번역억제가 유도되는지 여부는, 해당하는 21에서 25 nt RNA와 mRNA간의 상보성 정도에 따라 결정된답니다.
위의 그림에서 가장 아래쪽에 팩맨 같이 생긴 아이가 RNA를 갉아 먹는 이야기가 여기에 해당합니다.

일반적으로, si RNA 가 mRNA와 100% 상보적인 경우는 mRNA 를 분해하고, 약 80-90% 상보적인 경우는 번역을 억제하는 것으로 알려져 있어요.

이를 종합하자면, mi RNA 는 종 간의 보존도가 매우 높아, 중요한 생명현상에 관여하는 것으로 알려져 있으니, 발현양상면에서 매우 중요한 기능을 담당하는 것이고,(달리 말해, 개체의 초기 배 발생단계에서는 발현이 되거나 되지 않거나를 결정하는 측면에서의 중요한 기능을 말하지요.) 더불어 이렇게 조절하는 기능이 있다는 것은 종 간 유사성이 어떻게 진화해 왔는지를 파악할 수 있을 뿐 아니라, 이전에는 존재하지 않았던 생물의 생체 조절 물질로 다양하게 사용할 수 있다는 이론적인 계산도 가능하지요.

더불어 이와 반대로 si RNA 는 생체 기작을 억제할 수 있는 방향으로의 연구를 할 수 있고요.
이  때문에, 학계에서는 이에 대한 연구를 끊임 없이 하고 있답니다. 유전적 정보의 결함에 의한 질병 억제, 혹은 형질의 강제 반응, 암의 발생에 대한 억제, 새로운 시약의 직접적인 유전자 속 침투 등의 아직까지는 환상적인 이야기들이 향후에 가능해지지 않을까 하는 생각도 조심스럽게 해 봅니다.

왜 DNA는 5'에서 3'으로 합성될까?


왜 DNA는 5'에서 3'으로 합성될까?

bible5109 
2013.11.09. 18:41
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 DNA나 RNA모두 5탄당을 backbone으로 사용합니다.

single nucleotide의 구조를 보시죠.


아데닌 인데요 . 5'에 phosphate가 붙어 있는 것이 보이죠.
DNA합성시에는 phosphate 3개가 연달아 붙어 있는 triphosphate가 재료로 사용됩니다. dNTP라고 하죠.
DNA합성에는 에너지가 필요하므로 triphosphate 중 인산 2개가 떨어지면서 나오는 에너지를 이용합니다.
이 에너지가 없으면 polymerase가 작동을 못합니다.

그리고 5'phosphate는 꼭 먼저 만들어져 있는 DNA 가닥의 3'에 있는 OH에 붙게 됩니다.
이러한 결합을 phosphodiester bond라고 하지요 .

 http://virology.ws/ 에서 펌

세포 속의 DNA polymerase RNA polymerase 는 synthesis기능과 exonuclease기능이 있습니다.
모든 polymerase의 synthesis 기능은 5'에서 3'으로 이루어지게 되어있습니다.

반면 proofreading에 사용되는 exoneclease 기능은 polymerase종류에 따라 5' ->3', 3'->5' 의 2가지가 있습니다.

배경 설명은 이정도로 하고 이유를 설명할게요 .
크게 2가지 이유가 있습니다.

1. 먼저 proofreading측면에서 말씀드릴게요 .
DNA합성을 잘 하고 있다가 mismatch 가  일어나면
일단 합성이 중단됩니다.
그리고 이때 잘못 들어온 nucleotide가 3'end 쪽에 달려있겠죠.
그러면 DNApolymerase는 3'->5' exonuclease기능으로 마지막의 mismatch된 nucleotide를 잘라냅니다.
그리고 다시 맞는 염기를 붙이면서 synthesis기능을  합니다.  (위의 세 그림 중 아래그림.)

반대로 3'->5'로 합성이 이루어진다고 생각해보죠.
5' end에 mismatch된 애가 있다면 5'->3' exonuclease가 mismatch된 nucleotide를 잘라내겠죠.
그런데 이미 phosphodiester bond가 이루어진 후에 이 bond를 자르는 거라서 5'end쪽의 인산기는 한개뿐입니다.
그러면 다시 맞는 nucleotide를 가지고 온다고 해도 에너지가 없기 때문에 synthesis가 중단됩니다.
5'->3'으로 가야하는 충분한 이유가 되겠지요?

2. 이번엔 화학적 측면에서 생각해볼게요 .
DNA polymerase가 절대 실수를 안해서 mismatch는 안만든다고 가정해봅시다.
3'->5'로 polymeerase가 열심히 DNA를 만들고 있다고 생각해보세요 .
그런데 이때 dNTP가 안들어오고  dNMP가 들어왔다고 하면 어떻게 될까요 .
(NMP는 인산기가 하나만 붙은 nucleotide를 뜻합니다. )
역시 에너지가 없으니 더이상의 연장은 불가능하겠죠.
또 어떤이유에선가 DNA를 잘 만들고 있다가 5'end의 triphosphate가 깨지면서 monophosphate로 바뀐다면
이 역시 더이상의 연장은 불가능합니다.

실제로 NTP는 높은 에너지를 축적하고 있기때문에 세포내에서 다른 물질과 반응을 통해 에너지를 방출하기가 쉽습니다. 즉 NTP에서 NMP로 바뀌면서 좀더 안정한 에너지 상태로 가려고 하는것이지요.

이처럼 3'->5'로 갈때는 불리한 점이 많습니다. DNA 복제중 중단이 되버린다면 매우 난감한 상황이 벌어지겠죠.
아마도 cell은 더이상 분열 하지 못하게 되고 그대로 사멸하게 될 겁니다.  셀의 생존에 중요한 유전자가가 복제가 안된채로 분열된다면 새로 합성된 DNA를 가지고 있는 세포는 당연히 죽을 겁니다.

하지만 5'->3'로 갈때는 dNMP가 들어와도 상관 없죠. 뱉어 내고 dNTP가 들어오길 기다리면 되니까요.

5'->3'로 갈수 밖에 없는 이유는 nucleotide의 구조때문이라는 것을 잘 기억해두세요 .
더불어 DNA가 연장 될땐 항상 Triphosphate의 에너지가 필요하다는것도 기억해두시면
쉽게 5'->3'로 갈수 밖에 없는지 쉽게 유추해낼 수 있습니다.

Monday, May 30, 2016

핵 DNA 인

질문

핵DNA 미토콘드리아 DNA등

비공개 
질문 16건 질문마감률84.6%
 
2015.01.04. 11:48
3
답변
 
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871
제가 요즘 세포에 대해 공부할려고하는데
아무리 알아봐도 이해하기 어려워요
세포란?
세포핵과 핵 DNA와는 다른가요?
핵 DNA와 미토콘드리아 DNA랑 차이점이 뭐죠?
그러면 핵 DNA 미토콘드리아DNA 두개의 DNA가
존재하는 건가요?
질문자 채택된 경우, 추가 답변 등록이 불가합니다.
질문자 채택

skyhong09님의 답변입니다.

채택답변수68
 
2015.01.04. 13:02

질문자 인사

빠르고 좋은 답변 고맙습니다. 답변해주셔서 감사합니다~~
안녕하세요 ㅎㅎ 일단 쉽게 말씀그리자면
미토콘드리아는 세포라고 보시면 돼요
그러니 미토콘드리아는 그만의 핵이따로있죠

1: 세포핵 속에 염색체가있고 그속에 dna라는것이있습니다

2: 미토콘드리아는 외부에서 우리의 세포로 들어왔습니다..즉 같이 한집에서 사는거죠.. 그런데 같은집이라고 같은 사람(핵) 이있는건 아니죠?? 마찬가지로 가지고있는 dna 는 다릅니다

3: 우리세포속에는 핵하고 미토콘드리아가있으니까 두 핵(dna) 가 존재한다고 보먄됍이다