tae buffer는 말 그대로 pH를 안정시키는 완충용액입니다.
전기영동을 하면 DNA를 이동시켜야하는데..
그 이동시키는 운반체들이 바로 이온들이고요..
그 이온을 buffer가 공급해줍니다.
TAE는 Tris, Acetate, EDTA라는 간단한 3가지 물질이 들어있는데요..
Tris가 양이온을 공급합니다.
DNA는 -를 띠고 있지요?
그래서 이 buffer 안에서 DNA는 음극에서 양극으로 끌려갑니다.
그러나 Tris의 pH가 거의 11에 가깝기 때문에 이 pH를 낮추기 위하여 acetate를 첨가하는 거구요..
(pH가 그정도로 높으면 DNA가 해리됩니다).
EDTA는 chelating agent라고해서 금속이온을 용탈시키는 작용을 합니다.
보통 효소의 작용은 Mg, Mn 등 금속이온의 cofactor가 있어야 기능을 하게 되지요..
물론 RNase같은 cofactor가 필요없는 효소도 있긴 하지만
EDTA는 효소와 금속이온의 결합을 풀어서 분리시킵니다.
따라서 효소가 제기능을 못하게 되지요..
EDTA를 buffer에 넣음으로써 전기영동하는 동안에도 DNA는 DNA 분해효소인 DNase로 부터 보호가 되지요..
agarose gel 및 buffer 모두 TAE가되어야 합니다.
증류수로 gel을 만들면 DNA가 안 움직이지요..
운반체가 없으니까요..
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1. agarose gel의 경우 구조가 머라고 해야하나.. 촙촙한 체? 같은 거라고 볼수 있습니다.
그래서 전기영동시 덩어리가 큰거 DNA의 경우 size가 큰것은 체에 계속 걸리고 걸려서 천천히 내려오게 되고 size가 작은 것들이 아래도 더 많이 내려오게 되는거죠
2. 전기영동시 DNA 이동에 영향을 미친는 요일은...
첫번째 gel의 농도입니다. 농도 가 진할수록 gel은 더 촘촘해 지고 느리게 내려오게 됩니다. 이 경우 시간은 오래 걸리긴 하지만 더 정밀하게 size을 확인할 수 있겠죠
두번째 전압 입니다. 이것도 이해하기 쉽조 DNA전기영동은 DNA가 -전하를 띄는 것을 이용한 방법입니다.
전압을 더 강하게 걸어준다거나 낮게 걸어주면 영향을 받게 되겠죠
세번째 buffer 종류 제가아는건 TAE, TBE 두종류인데.. 짧은시간은 TAE, 긴시간은 TBE를 쓰는걸로 알고 있습니다. 왜인지는.... 기억이 잘 안나는데 시간이 오래걸리는경우 TBE를사용한것으로 바서 전기영동시 발생하는 열과 관계가 있지 않을까.. 생각합니다.
